ساختار تابع را تعیین می کند. مکانیسم اصلی آنتی باکتریال و باکتریوستاز عصاره های گیاهی، آب هراسی قوی آن در ساختار است. عصاره های گیاهی می توانند غشای سلول باکتریایی و ساختار فسفولیپید بر روی میتوکندری را از هم جدا کنند، به ساختار سلول آسیب برسونند، نفوذ پذیری غشای سلولی را افزایش دهند و در نتیجه باعث نشت یونها و محتویات داخل سلولی شوند و سپس منجر به مرگ سلولی باکتریایی شوند. به عنوان مثال، کلروژنیک اسید استخراج شده از عصاره honeysuckle می تواند با غشای سلولی اشریشیا کلی ترکیب، افزایش نفوذ پذیری غشای سلول، و محتوای فسفاتاز قلیایی در مایع باکتریایی اشریشیا کلی درمان شده افزایش یافت، و میزان آسیب سلول های اشریشیا کلی به حدود ۴۰٪ رسید.
عصاره های گیاهی همچنین می توانند باکتری ها را با مهار سنتز پپتیدوگلیکان باکتریایی بکشند تا به ریفولوژی باکتری مانند عصاره ریشه استوانه ای آسیب برانند. علاوه بر این، مکانیسم ضد باکتریایی آن همچنین شامل تخریب یا تخریب دیواره سلولی باکتریایی، تخریب غشای پلاسمای سلولی، و تخریب ساختار پروتئین غشای سلولی است، بلکه می تواند تجمیع سیتوپلاسم باکتریایی را نیز بسازد، حرکت پروتون سلول ضعیف شود، و همچنین می تواند عملکرد دفاع اپیتلیال روده ای را برای بازی اثر عفونت باکتریایی تقویت کند. به عنوان مثال هیدروکلرید بربرین می تواند سلول های α-همولیزین ترشح شده توسط S. aureus را تحریف و تغییر شکل دهد و سطح سلول را ناهموار کند و مواد مغذی و مواد ژنتیکی نشت کند. تعداد زیادی از مطالعات تجربی تایید کرده اند که اثر ضد باکتری تک اجزای فعال به خوبی عصاره کل گیاه نیست، نشان می دهد که اثرات هر جزء در عصاره گیاه در vivo متقابلا در حال ترویج است.
عصاره های مختلف گیاهی فلور روده را به روش های مختلف تنظیم می کنند. برخی می توانند به طور مستقیم باکتری های مضر را از راه های مختلف مهار کنند، در حالی که برخی می توانند رشد پروبیوتیک ها را ترویج کنند و به طور غیر مستقیم تولید مثل باکتری های مضر را مهار کنند. برخی از اجزای عصاره های گیاهی مانند الیگو ساکریدها اثرات پروبیوتیک آشکاری دارند که می تواند رشد و تولید مثل باکتری های مفید مانند بیفیدوباکتریوم و باکتری های اسید لاکتیک را در شرایط زنده و در شرایط آزمایشگاهی ترویج کند و در نهایت تعداد باکتری های مفید را افزایش دهد در حالی که تعداد باکتری های مضر را کاهش می دهد. به عنوان مثال عصاره یوکا شیدیگرو می تواند تعداد باکتری های مضر مانند باکتریوئیدها و یوباکتری ها را کاهش دهد، و تعداد باکتری ها را در دستگاه روده جوجه های گوشتی افزایش دهد. عصاره آلوئه ورا می تواند مرگ ناشی از عفونت سالمونلا و تعداد سالمونلا در دستگاه روده ای جوجه های گوشتی را کاهش دهد. عصاره پورسلین می تواند تعداد اشریشیا کلی در سکوم را کاهش دهد و تعداد لاکتوباسیلوس و بیفیدوباکتریوم را افزایش دهد.
